Zgodnie z Załącznikiem nr 1 do Programu Priorytetowego Czyste Powietrze Dotacje w ramach programu Czyste Powietrze można łączyć z termomodernizacyjną ulgą podatkową, obowiązującą od 1 stycznia 2019 r., tj. od wejścia w życie ustawy z dnia 9 listopada 2018 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych oraz ustawy o zryczałtowanym podatku dochodowym od niektórych przychodów osiąganych przez osoby fizyczne (Dz. U. poz. 2246). W takim przypadku korzyści uzyskane przez Beneficjenta z tytułu obu mechanizmów finansowych wzajemnie się uzupełniają.