Czyszczenie rynien zaleca się wykonywać w okresie jesiennym, w okolicach listopada. Czasami warto jest to jeszcze robić po zimie. Najbardziej narażone na zatykanie się rynien i rur spustowych są domy usytuowane w pobliżu drzew, szczególnie kasztanów i żołędzi. Jednak należy pamiętać, że wiatr też jest zdolny do przenoszenia różnego rodzaju zanieczyszczeń. Rodzaj materiału, z jakiego wykonane są rynny również ma wpływ na podatność do zatykania się. Rynny plastikowe czy wykonane z miedzi mają gładsze krawędzie niż rynny stalowe. Szczególnie z biegiem czasu, kiedy rynny pokrywają się rdzą, a zanieczyszczenia mają większą możliwość przyczepności i akumulacji w rynnie czy rurze spustowej.
Drożność systemu rynnowego możemy sprawdzić przez polanie wodą i kontrolę odpływu. Jeśli woda nie wypływa z rur spustowych lub wypływa w mniejszym stopniu, znaczy to, że system jest niedrożny. Czyszczenie można wykonać samemu przy użyciu drabiny, szczotki i węża ogrodowego. Usuwanie zanieczyszczeń zaczyna się od rynien najwyżej położonych. Należy najpierw wymieść i usunąć większe zanieczyszczenia, a następnie spłukać wodą pod ciśnieniem. Przy zaleganiu większych ilości błota, należy pozostawić rynny na pewien czas zalane wodą w celu odmoknięcia i rozpuszczenia niedrożności.
Do czyszczenia rynien nie należy stosować ostrych narzędzi aby nie zarysować powierzchni. Takie uszkodzenia mogą prowadzić np. do korozji rynien metalowych.
Przydatne w czyszczeniu rynien może być stosowanie specjalnych siatek i osadników wewnątrz rur. Dostęp do nich jest możliwy dzięki specjalnym otworom z zamknięciem. Co jakiś czas należy takie sitka wyjąć i wyczyścić. Do zapobiegania niedrożności rynien służą kratki montowane na rynnach. Zatrzymują one liście i większe zanieczyszczenia. Należy jednak pamiętać, że zalegające liście na takiej kratce mogą uniemożliwiać spływanie wody z dachu do rynien. Przez to, takie rozwiązanie nie zwalnia nas z kontroli drożności systemu rynnowego, również dlatego, że kratka nie zatrzymuje mniejszych zanieczyszczeń w postaci piasku czy igliwia.
Kontrola swobodnego odpływu wody z rur spustowych jest również ważna. Kiedy rury zakończone są kolankiem, nie należy zastawiać miejsc w pobliżu ich wylotu. W przypadku odprowadzania wody do podziemnej kanalizacji deszczowej, należy co jakiś czas wyjmować kratkę z pojemnika i wyczyścić osadnik.
Dodatkowym i dość często występującym, uciążliwym problemem mogą być ptaki, które lubią formować sobie gniazda właśnie w rynnach. Nie należy niszczyć ich gniazd, tylko przenieść je w inne, bardziej odpowiednie miejsce.